血管相关细胞类型单细胞测序数据库分享

血管疾病是死亡的主要原因，目前我们对包括基因表达谱的差异在内的血管细胞成分知之甚少。SCIENTIFIC DATA 2018年8月21日在线发表了一篇名为“Single-cell RNA sequencing of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types”的文章。

文章构建了小鼠脑和肺血管及血管相关细胞类型数据库（链接：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html ），数据库包含脑的3436个单细胞单细胞转录组以及小鼠肺的1504个单细胞转录组，该数据库将为血管发育和疾病研究提供坚实基础。

血管系统由两种细胞类型构成：内皮细胞(Endothelial cells)和壁细胞（Mural cells）。壁细胞是周细胞（Pericytes, PC）和血管平滑肌细胞（Vascular smooth muscle cells, SMCs）的统称。PC广义上被定义为微血管的壁细胞而SMCs分布于动脉和静脉。

尽管壁细胞的细胞亚型在解剖位置和细胞形态上存在显著差别，但我们对其分子和功能差异的了解仍然有限。为了对血管及血管相关细胞类型进行更加精确的解剖学和分子描述，作者使用单细胞RNA测序技术构建了一个小鼠脑和肺血管及血管相关细胞类型数据库。

为了从成年小鼠脑中捕获血管和血管相关细胞类型，我们使用了一组转基因报告小鼠：

为了从成年小鼠肺中捕获血管和血管相关细胞类型，我们使用了一组转基因报告小鼠：

脑细胞分离参考文献：DOI: 10.1038/protex.2017.159；血管周单细胞分离参考文献：DOI:10.1038/protex.2018.005;肺单细胞分离：DOI:10.1038/protex.2018.006。

作者定义了15中不同的细胞类型：

如何使用小鼠脑和肺血管及血管相关细胞类型数据库？

数据库分为两部分，第一部分可在线搜索：

第二部分可分析脑血管细胞类型的富集基因：

搜索示例，输入Rpl13a：

可分别得到脑血管细胞单个细胞的表达情况（a）以及每个细胞类型的平均表达情况（b）：

也可分别得到肺血管细胞单个细胞的表达情况（c）以及每个细胞类型的平均表达情况（d）：

脑血管细胞类型的富集基因分析，Group1勾选周细胞，Group2勾选除周细胞以外的所有细胞，点击Compare：

得到在周细胞富集的基因排序：

在第一部分在线搜索验证，发现Sfrp2、Uchl1确实非常特异的表达在PC：

搜索其他脑血管细胞类型的富集基因方法与举例类似。

最后给大家分享不同细胞类型的Marker，希望对大家有所帮助！

周细胞Marker：

血管平滑肌细胞Marker：

小胶质细胞Marker：

血管成纤维细胞样细胞Marker：

少突胶质细胞Marker：

血管内皮细胞Marker：

星形胶质细胞Marker：

参考文献：

He, L., Vanlandewijck, M. et al. Data Descriptor: Single cell RNAseq of mouse brain and lung vascular and vessel-associated cell types. Scientific Data, Volume 5, Article number: 180160 (2018).

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