Cellmarker: 如何找到你研究的细胞marker

Cellmarker: 如何找到你研究的细胞marker

最近在做细胞类型区分时，需要找到一些人类细胞的特异性Makrer，发现了一个不错的网站：CellMaker，界面友好，操作简单。目前收录了人和鼠两种生物的细胞，其中人的158种组织或亚组织的467种细胞类型，鼠的81种组织或亚组织的389种细胞类型。数据主要来源于文献和数据库，包括单细胞测序数据和生物实验数据，从CellMaker可以直接链接到相应的数据库或文献。网站主界面如下：

查找方法主要有两种:

1.可以直接点击图中（以人为例）左侧的组织或细胞类型来进行选择组织或细胞类型，也可以在“Quick search”中输入细胞、基因或组织，点击搜索即可得到结果。以血液中血小板为例，点击左侧图中“blood”,弹出血液中所有细胞类型，再点击“Platelet”即可。

2. 点击导航栏的“Search”,出现以下搜索界面。在界面中，选择“物种”、“组织”、“细胞”或者“是否与肿瘤相关”等选项，点击submit即可。

此外，此搜索界面的右侧可以直接进行Marker搜索，直接输入物种和基因名字然后提交，就可以看到这个基因在不同组织或细胞中被作为Marker的证据情况。

搜索结果如下图所示，开发者选择了词云图和表格展示Marker。右侧表格展示的是每个Marker和支持该Marker为该细胞类型的生物学证据数；左侧词云图中展示的是人血液中血小板的Marker，越靠近图的中心位置且个头越大的Marker的生物学证据越多。

词云图的下方是支持该证据的每条证据信息，可点击右侧的“more details”查看该证据的详细信息，包括文献链接等。

导航栏的“Download”界面可以下载网站收录的所有Marker，开发者真的是太nice了。

此外，如果你有新的数据或发现新的细胞marker也可以通过导航栏的“Submit”进行上传，经过开发者审核通过后会被网站收录。

参考文献：

Zhang X, Lan Y, Xu J, et al. CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res. 2018 Oct 5.